1895年，甲午战争结束。日军偷袭澎湖，强迫清政府割让台湾。刘永福临危受命，赴台主持军务。此时的台湾人心惶惶，绿营武备松弛，官员竞相内渡。面对日军逼境，刘永福挺身而出，团结台湾志士，以孤军抗击日军的进攻。
电影《乙未之台岛遗恨》主要反映1895年清朝政府在甲午战争失败后，被迫将台湾列岛割让给日本，民族英雄刘永福率领黑旗军和台湾各民族人民组成义军抗击日本侵略者的英勇事迹。
