在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在“纳米学院”中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、过着奇奇怪怪的校园日常，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。
狄仁杰、李元芳、杨戬、扁鹊四人成立峡谷重案组维护王者峡谷的秩序，但是诡谲的案件接连不断，李元芳和杨戬甚至无辜受到暴君的攻击直至昏迷。真相看似毫无遮掩实则扑朔迷离。 李元芳与杨戬平安醒来，重案组似乎回到了平稳的日常。但峡谷里暗流汹涌未曾停歇，黑幕仍未分明。敌暗我明，狄仁杰要如何带领众人破局？阴谋...
