只有女性能使用的世界最强兵器「IS」在日本公布开发以后，世界也处于了女尊男卑的状态。培育 IS 操纵者的学校「IS 学园」是，集合来自世界各地的代表候补生少女的女子学校。然而，主角「织斑一夏」虽然身为男生却不知什么原因能够起动 IS，为此他被强制送进「IS 学园」上学。女子学院里唯一的男生，穿插于以青梅竹马...
故事方面，讲述的是由于一种被称作IS的最强对战兵器只能由女性来使用，因此世界变成了一个女尊男卑，由女性来主导的社会模式。而男主角织斑一夏却意外被发现也能操控IS，因此他被强制入学IS学院。可想而知，作为培育IS操纵者的IS学院中所有的学生都是女孩子，于是有一部后宫题材故事上演了…… IS＜Infinite Stratos＞...
