围绕着国外卡尔特资源问题的示威活动越演越烈，在新滨市发生警备机动队屠杀游行名众的事件，起因为「火种」所引发的电子脑感染。草薙素子所组成的独立出击部队，基于自己的正义对事件展开调查，而草薙展开调查的同时，也逐渐接近隐藏在事件核心的机器少女?艾玛以及稻草男?布林达二世的灵魂所追求的东西…
