邪恶的可汗逃脱十五年前被寇克船长拘禁的星球，他本人是一位智勇双全的领袖，但此刻已变成一个邪恶的狂人，他誓言要向寇克船长讨回血仇。于是他先劫持了一艘联邦战舰，后又偷取了寇克船长的儿子和旧情人制造的毁灭性武器。并引诱企业号投入他精心设计的圈套……
星际联邦的大敌克林贡帝国因为连年争战，经济及生态环境破坏殆尽，一位克林贡领袖遂在企业号太空船护送下前往地球谈和，中途却遭到阴谋份子暗杀，并且嫁祸企业号……
在星历9521.6年间，叱吒星际的企业号即将退休，突然星际败类克林贡欲向各星际卫星求和，以结束长时间对立，唯一条件是星际舰队需撤出中立缓冲区。这项求和行动，其中以企业号舰长寇克反对最力，因其子曾遭克林贡人杀害，难消仇恨之心，但因其他星际舰队多数追求和平，乃不得不接受此一事实，寇克舰长甚至被推介护送...
