尼奥(基努·里维斯KeanuReeves饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰)重回矩阵:在这里,一个是矩阵创造出来,周而复始的日常世界,另一个则是隐藏其后,真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假,尼奥不得不再次做出选择……
不是陨石撞击地球,也不是恐怖份子的全球威胁,更不是发生核子战争,人类熟悉的世界一夕之间面目全非,没有人知道是什么原因导致全球电力系统故障,消灭所有生命,唯独一个位于东欧的小区域幸存下来,仍保有正常的电力运作。面对毁天灭地的灾难,这个人类最后的希望堡垒必须全力反击,阻止这场灭绝浩劫……