某年夏天，六年级小学生裕太（武井证 配音）独自来到位于深山的萤之丘水库。当年他曾和父亲来到这里捉独角仙，一年前父亲意外去世，曾留下无数美好回忆的水库，对他来说自然别有一番意义。在此期间，他遭遇罕见的暴雨，结果不小心跌落水库。幸运的是裕太成功获救，在一个古色古香的小村庄里，他结识了可爱天真的小女...
主角芳贺稻子是有10年教龄的35岁独身女性，担任四年级某问题班级的临时教员，这个班级以前的班主任连续3人辞职，辞职原因不明。班级里既没有严重的欺负问题，家长们对老师的工作也十分支持，班主任为什么连续辞职？初上任的芳贺稻子感到莫名其妙，于是决定追查到底……
