寻找101体〈Chemi〉！新骑士是操纵卡片的〈炼金术师〉！！【假面骑士Gotchard】9月3日诞生！！101张卡片进行形态变换！？高中生・一之濑宝太郎，前所未见的冒险故事。围绕著人工生命体Chemi的战斗开始！！
校外旅行途中，乖乖女光子（特林德尔·玲奈 饰）所乘坐的巴士突然被一阵狂风拦腰切成两段，光子刚好俯身捡东西所以幸免于难，但是秋等伙伴全部被齐刷刷地切去了上半身。惊慌失措的女孩夺路狂奔，一路上目睹了无数人被神秘之风杀死的惨状。突然，她仿佛置身于灾难前的时光，惊魂未定的光子和秋等伙伴们一同上学，谁知...
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。
