成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
戎崎裕一（铃村健一配音）是一位平凡的十七岁少年，在十七年的漫长人生中，并没有发生什么特别值得记录的事情，然而，就在这一年，裕一却因为感染了甲型肝炎而住进了医院。在医院中，裕一结识了外刚内柔的护士谷崎亚希子（小平有希配音）和医术高明认真负责的一生夏目吾郎（平田广明配音），除此之外，裕一还遇见了...
向水日菜子（川荣李奈配音）是一位冲浪爱好者，对大海有着强烈的热情和真挚的喜爱，只有在风口浪尖处，她才能够感受到自己真正的在活着，可是别看日菜子在海上神气活现，在生活里，她其实是一个多思多虑的女孩，对未来感到深深的迷惘。一场活在让日菜子结识了名为雏罂粟港（片寄凉太配音）的消防员，勇敢正直的港很...
