《军号密码》以发生在江南新四军纪念碑前的“碑前放鞭炮，空中响军号”的富于传奇色彩的新闻入手，描写了一个在南京大屠杀中被日军杀害父母而逃出魔窟的少年李小亮在新四军队伍里成长为抗日小英雄的故事。
一阵刺耳的电话铃声将林云飞从睡梦中惊醒，电话中传出副科长董智超急促的声音：“八所秦工程师在火车站丢失了装有重要科研项目的机密文件包，此事引起上层的高度重视，你速赶到铁路公安局。”林云飞与侦察员曹阳驱车赶到铁路公安局时，董智超告诉林云飞，公安已经破案了，是一起普通的盗窃案，让林云飞与公安做好收尾...
