如月学园刚刚结束了一年一度的文化祭圆满落下帷幕，高二学生中岛直美（生驹里奈饰）和青梅竹马持田哲志（池冈亮介饰）等人还留在教室里，大家依依不舍，都想在学校里多待一会儿。这时，突然响起一个炸雷，吓得大家连忙堵住耳朵，而电闸似乎也出现了问题。超自然迷女孩筱崎亚由美（前田希美饰）找来鬼屋用到的蜡烛，...
年仅6岁的小女孩鹿贺凛（松浦愛弓配音）失去了最爱的爷爷宋一（有川博配音），据说她是宋一的私生女，这个暧昧的身份成为鹿贺家的耻辱和负担。但是在葬礼上，凛却遇到了她生命中最重要的人——某服装公司的30岁单身男子河地大吉（土田大配音），他是宋一的亲外孙。面对遭受家人排斥的小阿姨，大吉毅然承担起了照顾凛的...
U.C.0097时期，“拉普拉斯事变”的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩序力量的它即刻引发了地球联邦军、吉翁袖章残党以及路欧商会三方势力的争夺狩猎，一场宇宙对决也即将拉开帷幕......
